1.由于雜菌污染，使生物反應(yīng)中的基質(zhì)或產(chǎn)物因雜菌的消耗而損失，造成生產(chǎn)能力下降。
2.由于雜菌所產(chǎn)生的一些代謝產(chǎn)物，或在染菌后改變了培養(yǎng)液的某些理化性質(zhì)，加大了產(chǎn)物提取和分離的困難，造成產(chǎn)品收率降低或質(zhì)量下降。
3.雜菌大量繁殖，會改變培養(yǎng)介質(zhì)的PH，從而使生物反應(yīng)發(fā)生異常變化。
4.雜菌可能會分解產(chǎn)物，從而使生產(chǎn)失敗。
5.發(fā)生噬菌體污染，微生物細胞被裂解，使生產(chǎn)失敗。
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